En el 2013, se constituyó la primera Comisión Quipu Regional, la misma que se focalizó en el Valle de los Rios Apurimac, Ene y Mantaro (VRAEM). Dicha zona fue priorizada considerando que se trata de una zona de conflicto afectada por el narcotrafico con una alta incidencia de pobreza, desigualdad y desnutrición crónica infantil y que por tanto, genera desafíos que demandan soluciones focalizadas en el territorio.

La Comisión Quipu Regional para el VRAEM reunió a 5 académicos nacionales con experiencia en formulación y evaluación de políticas públicas y 3 asesores internacionales especializados en temas de desarrollo posconflicto y evaluación de impacto, con el objetivo de brindar apoyo técnico al Estado peruano en el desarrollo de políticas públicas basadas en evidencia en materia de desarrollo e inclusión social, específicas para la realidad del VRAEM.

Las propuestas de la Comisión han sido diseñadas con el objetivo de mejorar el acceso a servicios de agua y saneamiento así como a servicios preventivos de salud, reducir la deserción escolar de jóvenes y mejorar su conexión con el mercado laboral, mejorar la conectividad y los mecanismos de transparencia y rendición de cuentas de obras de infraestructura y, fomentar una cultura de paz como primer paso para el desarrollo de la zona.